Instrucciones
Usted tiene las siguientes opciones en este simulador para moléculas pequeñas tanto inorgánicas como orgánicas.
- En la parte superior, aparecen los botones 2D y 3D para que pueda observar el modelo en dos o tres dimensiones.
- A continuación se presenta el modelo en dos o tres dimensiones.
- "Search" puede ser utilizado para buscar alguna molécula, escribiendo el nombre en inglés, por ejemplo al escribir, sulphuric acid (ácido sulfúrico).
- Color de fondo, sirve seleccionar el color del fondo del modelo en tres dimensiones.
- Acercar +, acerca el modelo.
- Acercar -, aleja el modelo.
- Girar X, Y, Z, para girar el modelo en tres dimensiones en los ejes x, y, z.
- Alambres, varillas y pelotas y varillas, para cambiar el modelo en tres dimensiones en esas representaciones.
- Energía, aparce en la parte superior la energía de la molécula en kJ/mol o kcal/mol.
- Minmizar por MMFF94, normalmente las estructuras iniciales que se crean en los simuladores poseen energías mucho mayores a las que tendría un objeto real, por esta razón, se utilizan algoritmos para calcular las posiciones y fuerzas originales, con el objetivo de minimizarlas y que sean más realistas.
- Arrastrar Minimizar, usted puede arrastrar un átomo, soltarlo y entonces el sistema hace un cálculo de minimización de energía.
- Simetría, muestra los planos de simetría en la molécula.
- Editar, puede editar la molécula agragando o quitando átomos y enlaces.
- Superficie VDW, la superficie de van der Waals de una molécula es una representación abstracta o modelo de esa molécula, que ilustra dónde, en términos muy generales, podría haber una superficie para la molécula en función de los cortes duros de los radios de van der Waals para átomos individuales, y representa una superficie a través de la cual la molécula podría concebirse interactuando con otras moléculas.
- PEM es el mapa de potencial electrostático.
- Tetraedros, para el caso que exista alguna átomo tetraédrico.
- Dipolos enlaces, para ver el los dipolos de todos los enlaces.
- Dipolo molecular, para ver el momento dipolar resultante de toda la molécula.
- Hibridación sp, sp2 y sp3, para ver la hibridacion del átomo de carbono.
- C quiral (nomenclatura R/S) y E/Z para isomería geométrica en alquenos, los descriptores R/S permiten indicar en un compuesto orgánico la configuración (la disposición espacial de los sustituyentes) de un carbono o centro quiral, estereocentro o centro estereogénico, que es el caso de un átomo de carbono con cuatro sustituyentes diferentes. Se añade R o S entre paréntesis como prefijo delante del nombre de la molécula orgánica. En caso de ser más de uno el centro estereogénico, separados por coma se indica el descriptor R o S de cada uno, precedido del número o localizador que identifica su posición.
- Invertir R/S, para cambiar la quiralidad.
- Nomenclatura E/Z en Alquenos, el sistema tradicional para nombrar los isómeros geométricos de un alqueno, en el que los mismos grupos están dispuestos de manera diferente, es nombrarlos como cis o trans. Sin embargo, es fácil encontrar ejemplos donde el sistema cis-trans no se aplica fácilmente.
- N electrones, O electrones y S electrones, para ver los electrones libres del nitrógeno, oxígeno y azufre.
- C primario, C secundario, C terciario, C cuaternario, identifica la clasificación de los átomos de carbono.
- Dadores y aceptores de puentes de hidrógeno, señala los átomos que pueden dar o aceptar puentes de hidrógeno
- Botón 2D, cuando escoge el botón 2D, la aplicación tiene su propio menú y quedan inhabilitados todos los botones 3D.
Lípidos
Fosfoglicéridos
Los fosfoglicéridos son un grupo de lípidos que contiene un grupo fosfato. Están localizados principalmente en las membranas celulares de los animales. Los fosfoglicéridos se parecen a los triacilglicéridos en los dos primeros átomos de carbono del glicerol; en estas posiciones hay dos ésteres de ácidos grasos, y se diferencian en el tercer átomo de carbono donde hay un éster de fosfato. También unido al grupo fosfato hay un segundo alcohol.
Formación de un fosfoglicérido
Fosfatidilcolina (lecitina)
Probablemente, la es el más común de los fosfolípidos. Contiene la importante sal de amonio cuaternaria, colina, unida a un residuo de ácido fosfórico mediante un enlace éster. El nitrógeno de la colina posee carga positiva y el fosfato, negativa, de modo que en solución, a casi todos los valores de pH, la lecitina existe como sal interna o ion interno (zwitterion). Junto con las sales biliares, ayuda a la solubilización de los ácidos biliares (compuestos de 24 átomos de carbono dihidroxilados o trihidroxilados que derivan del colesterol) en la bilis.
Como de la hidrólisis de la lecitina muy purificada se obtienen por lo menos cinco ácidos grasos diferentes, se está tratando con una mezcla de compuestos en lugar de uno solo. Técnicamente, debería emplearse el plural "lecitinas" en lugar del nombre singular. Sin embargo, la mayoría de autores prefieren referirse a estos compuestos como lecitina.
La lecitina pura es un sólido ceroso de color blanco que de inmediato se ennegrece cuando se expone al aire. En contraste con las grasas y aceites, se dispersa en el agua en forma coloidal y es insoluble en acetona. Por tanto, es posible separar la lecitina de un extracto etéreo, añadiendo acetona. La lecitina es especialmente abundante en la yema de huevo y en el frijol de soya. Cuando se obtiene de la última fuente, se emplea como agente emulsionante en las industrias de lácteos y confitería.
La estructura de la lecitina esta constituida por un alcohol primario, que en este caso es el glicerol (que aquí aparece representado sin los átomos de hidrógeno de los grupos -OH). Este glicerol aparece esterificado en la posición 1 por un residuo de ácido graso, en este caso ácido palmítico: Mientras que la posición C-2 está esterificada por otro residuo de ácido graso, ácido linoleico: El -OH en el carbono 3 está esterificado a fosfato: El cual a su vez se esterifica a un segundo alcohol, colina. La porción diacilglicerilfosfato recibe el nombre de ácido fosfatídico; por lo que el conjunto: recibe el nombre de Fosfatidil colina o Lecitina. En su estructura podemos ver la parte hidrofóbica de la molécula: , constituida por los dos radicales acilo sustituyendo al glicerol, y la parte polar, de la misma , compuesta por el grupo fosfocolina. La polaridad de este último está determinada por la carga electronegativa del fosfato y la carga electropositiva del grupo trimetilamonio de la colina.
Hidrólisis de una licitina
Cefalinas
Los diferentes fosfolípidos se forman según sea la naturaleza del segundo alcohol. Así, tenemos la , en la que el segundo alcohol es etanolamina; o la , donde el grupo fosfato está sustituido por el aminoácido serina.
Hidrólisis de fosfatidil etanolamina
Hidrólisis de fosfatidil serina
Comparación entre una lecitina y una cefalina
Fosfatidilinositol
El es un compuesto orgánico con varios isómeros de la familia de los polioles o polialcoholes presente en las membranas plasmáticas y en otras estructuras de productos naturales. Es relativamente escaso, pero tiene una gran importancia funcional cuando se asocia a otras estructuras.
Estructura del inositol
El se deriba del inositol es uno de los componentes fosfolipídicos de la membrana celular donde es sustrato para un número importante de proteínas de señalización. Su composición en ácidos grasos varía según el tejido y la especie estudiada, pero la más frecuente suele ser ácido esteárico en la posición 1 del glicerol y ácido araquidónico en la 2.
