Instrucciones
Cargar archivo PDB
Diferentes formas de representación de las moléculas
- "Amino" es un esquema que asigna colores a los aminoácidos en función de sus propiedades químicas, p. ácido, básico, hidrofóbico o polar. Los colores son ASP, GLU, CYS, MET, LYS, ARG, SER, THR, PHE, TYR, ASN, GLN, GLY, LEU, VAL, ILE, ALA, TRP, HIS y PRO. Los ácidos nucleicos son de color caré claro en el esquema "amino".
- "Cadena" es un esquema que da un color diferente a cada cadena del archivo pdb.
- "Grupo" es un esquema que colorea las cadenas de proteínas de manera diferencial en la dirección amino-carboxi. Este esquema también colorea las cadenas de ácido nucleico de manera diferencial en la dirección 5 '> 3'.
- "Temperatura" es un esquema que colorea los átomos de acuerdo con sus temperaturas anisotrópicas, almacenadas como un valor beta en un archivo pdb. La temperatura anisotrópica indica la movilidad de un átomo o la incertidumbre de posición. Los segmentos más "móviles" y más cálidos son de color rojo, progresando a fragmentos azules más inmóviles.
- "Estructura" es un esquema de color muy útil porque colorea de manera diferencial la estructura secundaria de una proteína (hélices α y láminas β). Es mejor usar un comando de visualización que ilustre la estructura secundaria cuando se utiliza el esquema de colores de la estructura (por ejemplo, cintas, dibujos animados, esqueleto, trazas o hebras; consulte la sección Visualización).
Clasificación de los aminoácidos
- Ácidos: Asp, Glu
- No cíclicos
- Alifáticos: Ala, Gly, Ile, Leu, Val
- Aromáticos: His, Phe, Trp, Tyr
- Básicos: Arg, His, Lys
- Interiores: Ala, Leu, Val, Ile, Phe, Cys, Met, Trp
- Con carga: Asp, Glu, Arg, His, Lys
- Hidrofóbicos: Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met, Trp
- Polares: Cys, Gly, Ser, Thr, Lys, Asp, Asn, Glu, Arg, Gln, Tyr, His
- Pequeños: Ala, Gly, Ser
Metales
Grupos Prostéticos
Superficie y Cavidades
Sección
Estructura de Proteínas
La sangre es el fluido que transporta los gases de la respiración, los nutrientes y los productos de desecho entre los diversos órganos y tejidos.
Existen sistemas reguladores en la sangre que ayudan a mantener el pH a 7.35:
- El sistema regulador de fosfato dihidrogenado/fosfato hidrogenado
- El sistema regulador del ácido carbónico/bicarbonato
- El sistema regulador de proteínas
Sistema regulador de fosfato dihidrogenado-fosfato hidrogenado
Está constituido por dos aniones poliatómicos en la sangre, éstos son el fosfato dihidrogenado, H2PO4-, y el fosfato hidrogenado, HPO4-2.
El fosfato dihidrogenado, es un ácido débil y el fosfato hidrogenado es su base conjugada; por lo tanto, se establece el siguiente equilibrio:
Cuando se agrega un ácido este equilibrio se desplaza hacia la izquierda, lo cual produce más H2PO4-.
Cuando se agrega una base este equilibrio se desplaza hacia la derecha, lo cual produce más H2PO4-.
Sistema regulador de ácido carbónico-bicarbonato
El sistema regulador de ácido carbónico-bicarbonato, tiene la máxima capacidad de controlar el pH de la sangre porque está vinculado a los pulmones y a los riñones.
El equilibrio que se establece en la sangre es:
Como en el sistema regulador de fosfato dihidrogenado-fosfato hidrogenado, si se agrega ácido, el equilibrio se desplaza hacia la izquierda:
Al agregar una base, el equilibrio se desplaza hacia la derecha:
Sistema regulador de proteínas
Las proteínas constituyen un tercer tipo de sistema regulador de la sangre. Estas moléculas complejas contienen grupos carboxilato, -COO-, que reaccionan como bases, es decir, receptoras de protones. Las proteínas contienen también iones amonio, NH4+, que donan protones para neutralizar el exceso de base.
La hemoglobina que es una proteína compleja (masa molar 65,000 g) que contiene varios protones ionizables.
La sangre es el fluido que transporta los gases de la respiración, los nutrientes y los productos de desecho entre los diversos órganos y tejidos.
Existen sistemas reguladores en la sangre que ayudan a mantener el pH a 7.35:
- El sistema regulador de fosfato dihidrogenado/fosfato hidrogenado
- El sistema regulador del ácido carbónico/bicarbonato
- El sistema regulador de proteínas
Sistema regulador de fosfato dihidrogenado-fosfato hidrogenado
Está constituido por dos aniones poliatómicos en la sangre, éstos son el fosfato dihidrogenado, H2PO4-, y el fosfato hidrogenado, HPO4-2.
El fosfato dihidrogenado, es un ácido débil y el fosfato hidrogenado es su base conjugada; por lo tanto, se establece el siguiente equilibrio:
Cuando se agrega un ácido este equilibrio se desplaza hacia la izquierda, lo cual produce más H2PO4-.
Cuando se agrega una base este equilibrio se desplaza hacia la derecha, lo cual produce más H2PO4-.
Sistema regulador de ácido carbónico-bicarbonato
El sistema regulador de ácido carbónico-bicarbonato, tiene la máxima capacidad de controlar el pH de la sangre porque está vinculado a los pulmones y a los riñones.
El equilibrio que se establece en la sangre es:
Como en el sistema regulador de fosfato dihidrogenado-fosfato hidrogenado, si se agrega ácido, el equilibrio se desplaza hacia la izquierda:
Al agregar una base, el equilibrio se desplaza hacia la derecha:
Sistema regulador de proteínas
Las proteínas constituyen un tercer tipo de sistema regulador de la sangre. Estas moléculas complejas contienen grupos carboxilato, -COO-, que reaccionan como bases, es decir, receptoras de protones. Las proteínas contienen también iones amonio, NH4+, que donan protones para neutralizar el exceso de base.
La que es una proteína compleja (masa molar 65,000 g) que contiene varios protones ionizables. Como una aproximación muy gruesa, se la puede tratar como un ácido monoprótico de la forma HHb:
