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Usted tiene las siguientes opciones
- Girar cualquier estructura en los ejes x, y, z.
- Cambiar el fondo del visor 3D
Estructuras Cristalinas
En cada uno de los botones, usted podrá cambiar la matriz tridimensional de la estructura cristalina.
Moléculas Pequeañas
- Usted podrá poner el modelo en forma de alambres, varillas y pelotas.
- También podrá realizar otras operaciones a nivel molecular
Biomoléculas y Ácidos Nucleicos
Cargar archivo PDB
Diferentes formas de representación de las moléculas
- "Amino" es un esquema que asigna colores a los aminoácidos en función de sus propiedades químicas, p. ácido, básico, hidrofóbico o polar. Los colores son ASP, GLU, CYS, MET, LYS, ARG, SER, THR, PHE, TYR, ASN, GLN, GLY, LEU, VAL, ILE, ALA, TRP, HIS y PRO. Los ácidos nucleicos son de color caré claro en el esquema "amino".
- "Cadena" es un esquema que da un color diferente a cada cadena del archivo pdb.
- "Grupo" es un esquema que colorea las cadenas de proteínas de manera diferencial en la dirección amino-carboxi. Este esquema también colorea las cadenas de ácido nucleico de manera diferencial en la dirección 5 '> 3'.
- "Temperatura" es un esquema que colorea los átomos de acuerdo con sus temperaturas anisotrópicas, almacenadas como un valor beta en un archivo pdb. La temperatura anisotrópica indica la movilidad de un átomo o la incertidumbre de posición. Los segmentos más "móviles" y más cálidos son de color rojo, progresando a fragmentos azules más inmóviles.
- "Estructura" es un esquema de color muy útil porque colorea de manera diferencial la estructura secundaria de una proteína (hélices α y láminas β). Es mejor usar un comando de visualización que ilustre la estructura secundaria cuando se utiliza el esquema de colores de la estructura (por ejemplo, cintas, dibujos animados, esqueleto, trazas o hebras; consulte la sección Visualización).
Clasificación de los aminoácidos
- Ácidos: Asp, Glu
- No cíclicos
- Alifáticos: Ala, Gly, Ile, Leu, Val
- Aromáticos: His, Phe, Trp, Tyr
- Básicos: Arg, His, Lys
- Interiores: Ala, Leu, Val, Ile, Phe, Cys, Met, Trp
- Con carga: Asp, Glu, Arg, His, Lys
- Hidrofóbicos: Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met, Trp
- Polares: Cys, Gly, Ser, Thr, Lys, Asp, Asn, Glu, Arg, Gln, Tyr, His
- Pequeños: Ala, Gly, Ser
Metales
Grupos Prostéticos
Superficie y Cavidades
Sección
¡Atención!
Principio de Construcción (Órden Aufbau)
Órden Aufbau
El orden de Aufbau (del alemán Aufbau , que significa "construcción" o "edificación") es un principio fundamental en química que describe cómo se distribuyen los electrones en los orbitales atómicos alrededor del núcleo de un átomo. Este principio sigue una secuencia específica para llenar los orbitales, basada en los niveles de energía y la configuración electrónica de los elementos.
Dentro de cada nivel de energía, el subnivel s tiene menor energía, que el subnivel p, el cual tiene menor energía que el subnivel d y así sucesivamente. Sin embargo, hay que tener en cuenta que dentro de un conjunto de orbitales todos tienen igual energía. Por ejemplo, todos los orbitales que conformaron el subnivel 2p tienen la misma energía. A menudo estos orbitales son representados por una caja o serie de cajas, las cuales pueden ser colocadas ordenadamente para mostrar el aumento de energía.
También, algunas veces encontramos fácil diferenciar entre los tres orbitales que forman el subnivel p, refiriéndonos a ellos como px, py y pz.
Para los primeros 18 elementos, los electrones van ocupando los orbitales empezando por el de más baja energía y van llenando su capacidad antes de empezar el siguiente. Así es que el orbital 1s se llena con dos electrones, luego el 2s se llena con dos electrones, luego el 2p se llena con seis electrones, el 3s con dos y finalmente el 3p con seis. Generalmente, esto se escribe usando una notación (configuración electrónica) que incluye el número de nivel, subnivel y electrones por subnivel.
Orden Aufbau
Después del subnivel 3p hay una superposición de energía, es así como encontramos que antes de que se llenen los orbitales 3d los electrones entran en el orbital 4s. Lo mismo ocurre con el 5s y el 4d. En los niveles de energía más altos se presenta mayor superposición de este tipo.
Este orden de llenado ( del 1 al 18 y del 19 al 36) de los subniveles es lo que se llama principio de construcción (orden aufbau), el cual significa construir.
El orden de llenado de los subniveles de energía y la configuración electrónica de cada elemento se puede ver en la siguientes tabla periódica interactiva en la pestaña superior de "orbitales": Hacer click aquí. Esta es una tabla periódica comercial pero que tiene una exclente interfaz de aprendizaje.
Puede practicar configuraciones electrónicas de todos los elementos con la siguiente aplicación.
- Ingrese el símbolo del elemento para ver su diagrama orbital y configuración electrónica.
- Puede escoger la tabla en forma vertical u horizontal.
- El cuadro color verde le indica el orden que debe seguir.
Para cualquier conjunto de orbitales, tal como en el caso de los orbitales 2p, se encuentra que hay un electrón en cada orbital antes de que haya apareamiento. Es lo que se conoce como la regla de Hund. Aparentemente toma menos energía para un electrón ocupar un orbital por sí solo, que aparearse con otro electrón en un orbital de igual energía.
Se ha encontrado que los electrones se comportan como si giraran sobre un eje, y sólo los electrones que giran en direcciones opuestas pueden ocupar el mismo orbital. Este principio, conocido como el principio de exclusión de Pauli, explica por qué los orbitarios pueden contener un máximo de dos electrones. La regla de Hund y el principio de la exclusión de Pauli pueden ser combinados: los electrones se emparejarán con otros electrones en un orbital solamente si no hay un orbital vacío de la misma energía disponible y si hay un electrón con spin opuesto ya en el orbital.
La estructura electrónica de los elementos varía en forma regular a medida que aumenta el número atómico. Por consiguiente se puede ver que hay una relación directa entre la estructura electrónica de un átomo y las propiedades de dicho átomo.
Al organizar la tabla periódica, se sigue el orden aufbau, colocando el número máximo de electrones en cada subnivel antes de empezar a llenar el siguiente. Cada vez que empieza a llenarse un orbital s y por consiguiente un nuevo nivel de energía, se empieza a llenar una fila a través de la tabla, llamado período.
Para ordenar una tabla periódica hay que saber y seguir el orden aufbau. Para esto se utiliza una ayuda memorística llamada Regla Diagonal. Lo que se ha hecho aquí es un listado de cada uno de los conjuntos de orbitales posibles en cada nivel de energía como por ejemplo 1s, luego 2s, 2p; luego 3s, 3p, 3d y así sucesivamente. Luego se trazan líneas diagonales a través de éstas siguiendo el orden aufbau con relación al llenado de orbitales.
Hay algunas variaciones en cuanto al orden de llenado siguiendo la Regla Diagonal como se puede observar en el caso del grupo del Cromo (z=24) y el cobre (z=29). En el caso del cromo en lugar de tener una configuración electrónica 4s23d4 se presenta 4s1 3d5. Se agrega más estabilidad en el conjunto de dos orbitales cuando están a medio llenar (recuerde la regla de Hund en la cual este conjunto a medio llenar de los orbitales d tendrá un electrón en cada orbital, y por tanto tiene una distribución simétrica alrededor del núcleo). Con el cobre, número 29, en lugar de tener la configuración 4s23d9 tiene 4s13d10. En este caso se agrega mayor estabilidad al tener el conjunto de orbitales s a medio llenar y el conjunto de los orbitales d completamente llenos.
Regla Diagonal
¡Atención!
Hay excepciones en el orden de llenado siguiendo la regla diagonal, ejemplo el grupo del cromo y del cobre.
Ejemplo 1
Escriba las configuraciones electrónicas para cada uno de los siguientes casos e indique el número de electrones no apareadas:
- Un átomo que contiene 7 electrones.
- Un átomo que contiene 17 electrones.
- Un átomo del elemento número 22.
- Un átomo de arsénico (As)
- Aunque los subniveles s puedan contener 2 electrones, los subniveles p6, los subniveles d10 y los subniveles f14, solo se utilizarán los subniveles suficientes para contener los 7 electrones. Por lo tanto, la configuración se escribe como se muestra a continuación, comenzando en la izquierda, con círculos que representan orbitales y flechas que representan electrones. Es evidente que no hay se necesitan subniveles más allá de 2p porque ese subniveles puede cotener los últimos 3 electrones. Observe que los subniveles 1s y 2s están llenos, el subnivel 2p está a medio llenar con un electrón en cada orbital de acuerdo a la regla de Hund.
- De forma similar, la configuración electrónica para 17 electrones queda como se observa a continuación. Aquíi los subniveles 1s, 2s, 2p, y 3s están llenos ya que corresponden al primero y segundo nivel de energía. El subnivel 3p no está lleno y puede aceptar 1 electrón. Un electrón del subnivel 3p está desapareado.
- Un átomo del elemento con número atómico 22 contiene 22 protones en el núcleo por lo que debe tener también 22 electrones por ser eléctricamente neutro. La configuración electrónica resultante es la siguiente (Observe que únicamente dos de los orbitales del subnivel 3d están ocupados y contienen sólo un electrón. Así, hay dos electrones desapareados):
- El arsénico es el elemento con número atómico 33 por lo que contiene 33 electrones. Aquí no se muestra el diagrama de orbitales pero está claro que los primeros tres niveles de energía están llenos. El cuarto nivel de energía está parcialmente lleno, con el subnivel 4s llelno y el subnivel 4p parcialmente lleno. El subnivel 4p tiene 3 electrones desapareados. Su configuración electrónica es la siguiente:
- Configuración electrónica del H
- Configuración electrónica del He
- Configuración electrónica del Li
- Configuración electrónica del Be
- Configuración electrónica del B
- Configuración electrónica del C
- Configuración electrónica del N
- Configuración electrónica del O
- Configuración electrónica del F
- Configuración electrónica del Ne
- Configuración electrónica del P
- Configuración electrónica del S
- Configuración electrónica del Cl
- Configuración electrónica del Ti
- Configuración electrónica del Fe
Solución
El orden de llenado correcto siguiendo el principio de construcción (regla diagonal) es el siguiente: 1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 4s, 3d, 4p, 5s, 4d, 5p, 6s, 4f, 5d, 6p, 7s, 5f, 6d, 7p
Configuración Electrónica y Diagrama Orbital
Configuración Electrónica y Diagrama Orbital
Configuración Electrónica y Diagrama Orbital
Configuración Electrónica
Ejemplo 2
¿Por qué el siguiente diagrama orbital corresponde a una violación de la regla de Hund?
Configuración Electrónica y Diagrama Orbital
Ejemplo 3
¿Por qué es válida la siguiente configuración electrónica?
Configuración Electrónica y Diagrama Orbital
Por convención se llena primero el primer orbital p que se asume es el orbital px, luego el py y por último el pz. La realidad es que los tres orbitales por ser iguales en su nivel de energía, se pueden ir llenando sin ningún orden específico, cualquiera de ellos podría ser el primero. Esto lógicamente desde el punto de vista de la enseñanza de la teoría atómica genera un serio problema al no haber un acuerdo, lo que redundaría en una situación inconveniente al evaluar a los estudiantes.
Ejemplos de configuraciones electrónicas y diagramas de orbitales
Guía de Estudio
Principio de Construcción (Aufbau) y Estructura Electrónica
Quiz (Preguntas Cortas)
- ¿Qué describe el principio de construcción (orden aufbau) en la teoría atómica? Explique brevemente su significado en relación con la distribución de electrones.
- ¿Cómo se relacionan los niveles de energía y los subniveles atómicos en el orden aufbau? Mencione la secuencia general de llenado de los subniveles s, p y d dentro de un mismo nivel.
- ¿Qué establece la regla de Hund con respecto al llenado de orbitales degenerados (de igual energía)? Proporcione un ejemplo breve.
- Enuncia el principio de exclusión de Pauli y explica su implicación en la capacidad máxima de electrones que puede albergar un orbital atómico.
- ¿Cómo se relaciona la estructura electrónica de un elemento con su posición en la tabla periódica según el texto?
- ¿Qué es la regla diagonal y cuál es su propósito en la determinación de la configuración electrónica?
- Mencione dos excepciones a la regla diagonal en el llenado de orbitales y proporcione los nombres de los elementos donde ocurren estas excepciones.
- Explique por qué el llenado de los orbitales del cromo (Cr) y el cobre (Cu) presenta una excepción a la regla diagonal, mencionando el concepto de estabilidad electrónica.
- ¿Qué información proporciona un diagrama orbital de un átomo? Describa brevemente los elementos que se utilizan para representarlo.
- ¿Cómo se define una configuración electrónica y qué notación se utiliza generalmente para representarla según el texto?
Clave de Respuestas del Quiz
- El principio de construcción (orden aufbau) describe cómo los electrones se distribuyen en los orbitales atómicos alrededor del núcleo de un átomo. Sigue una secuencia específica basada en los niveles de energía, llenando primero los orbitales de menor energía.
- Dentro de un nivel de energía, los subniveles se llenan en orden creciente de energía: s < p < d < f. Generalmente, dentro de un mismo nivel, el subnivel s tiene menor energía que el p, y el p menor que el d.
- La regla de Hund establece que para orbitales de igual energía, los electrones ocuparán cada orbital individualmente con espines paralelos antes de comenzar a aparearse en el mismo orbital. Por ejemplo, en el subnivel 2p, cada uno de los tres orbitales tendrá un electrón antes de que alguno contenga dos.
- El principio de exclusión de Pauli establece que no puede haber dos electrones en un mismo átomo que tengan el mismo conjunto de cuatro números cuánticos. Esto implica que un orbital atómico puede contener un máximo de dos electrones, los cuales deben tener espines opuestos.
- La estructura electrónica de los elementos varía de forma regular al aumentar el número atómico, lo que resulta en una relación directa entre la configuración electrónica y las propiedades del átomo, lo que se refleja en la organización de la tabla periódica.
- La regla diagonal es una ayuda nemotécnica que lista los posibles conjuntos de orbitales en cada nivel de energía (1s, 2s, 2p, 3s, 3p, 3d, etc.) y traza líneas diagonales para recordar el orden de llenado de los orbitales según el principio de aufbau.
- Dos excepciones a la regla diagonal mencionadas son el cromo (Cr) y el cobre (Cu).
- En el cromo (Cr), una configuración 4s¹3d⁵ es más estable que la predicha 4s²3d⁴ debido a la mayor estabilidad de tener los orbitales d semillenos. En el cobre (Cu), una configuración 4s¹3d¹⁰ es más estable que 4s²3d⁹ por la estabilidad adicional de tener los orbitales d completamente llenos y el orbital s semilleno.
- Un diagrama orbital representa la distribución de los electrones en los orbitales atómicos de un átomo. Se utilizan cajas o círculos para representar los orbitales y flechas con dirección hacia arriba o hacia abajo para representar los electrones con sus respectivos espines.
- Una configuración electrónica es una notación que describe la distribución de los electrones de un átomo en sus diferentes niveles y subniveles de energía. Se representa indicando el número del nivel de energía, seguido de la letra del subnivel (s, p, d, f) y un superíndice que indica el número de electrones en ese subnivel (ej., 1s², 2p⁴).
Preguntas para Ensayo
- Describe en detalle el principio de construcción (orden aufbau) y explica cómo se utiliza para determinar la configuración electrónica de los elementos. Analiza la importancia de este principio para comprender la estructura atómica y la tabla periódica.
- Explica las reglas de Hund y el principio de exclusión de Pauli, ilustrando con ejemplos cómo influyen en la distribución de electrones en los orbitales atómicos. ¿Cómo se combinan estos principios con el orden aufbau para predecir la configuración electrónica?
- Discute la regla diagonal como una herramienta para recordar el orden de llenado de los orbitales. Describe cómo se construye y explica por qué surgen excepciones a esta regla, utilizando los casos del cromo y el cobre como ejemplos.
- Analiza la relación entre la estructura electrónica de un átomo y su posición en la tabla periódica. ¿Cómo se refleja el llenado de los diferentes subniveles (s, p, d, f) en la organización de los grupos y períodos de la tabla periódica?
- Describe cómo se representan las configuraciones electrónicas y los diagramas orbitales de los átomos. Explica qué información se puede obtener de cada una de estas representaciones y cómo se utilizan para visualizar la distribución de los electrones en un átomo.
Glosario de Términos Clave
- Orbital Atómico
- Región del espacio alrededor del núcleo de un átomo donde existe una alta probabilidad de encontrar un electrón.
- Nivel de Energía
- Regiones discretas alrededor del núcleo donde los electrones pueden orbitar. Se designan con números cuánticos principales (n = 1, 2, 3, ...).
- Subnivel de Energía
- Divisiones dentro de un nivel de energía, designadas por las letras s, p, d y f, que corresponden a orbitales con formas características.
- Configuración Electrónica
- La disposición específica de los electrones en los diferentes niveles y subniveles de energía de un átomo.
- Principio de Construcción (Aufbau)
- Regla que establece que los electrones llenan los orbitales atómicos en orden creciente de energía.
- Regla de Hund
- Principio que establece que para orbitales degenerados, los electrones se distribuyen individualmente con espines paralelos antes de aparearse.
- Principio de Exclusión de Pauli
- Principio que establece que no puede haber dos electrones en un mismo átomo con el mismo conjunto de cuatro números cuánticos; implica que un orbital puede contener un máximo de dos electrones con espines opuestos.
- Regla Diagonal
- Diagrama nemotécnico utilizado para recordar el orden de llenado de los orbitales atómicos según el principio de aufbau.
- Electrón Desapareado
- Un electrón que ocupa un orbital individualmente y no está emparejado con otro electrón de espín opuesto.
- Diagrama Orbital
- Representación visual de la distribución de los electrones en los orbitales atómicos, utilizando cajas o círculos para los orbitales y flechas para los electrones.