Instrucciones
Usted tiene las siguientes opciones en este simulador para moléculas pequeñas tanto inorgánicas como orgánicas.
- En la parte superior, aparecen los botones 2D y 3D para que pueda observar el modelo en dos o tres dimensiones.
- A continuación se presenta el modelo en dos o tres dimensiones.
- "Search" puede ser utilizado para buscar alguna molécula, escribiendo el nombre en inglés, por ejemplo al escribir, sulphuric acid (ácido sulfúrico).
- Color de fondo, sirve seleccionar el color del fondo del modelo en tres dimensiones.
- Acercar +, acerca el modelo.
- Acercar -, aleja el modelo.
- Girar X, Y, Z, para girar el modelo en tres dimensiones en los ejes x, y, z.
- Alambres, varillas y pelotas y varillas, para cambiar el modelo en tres dimensiones en esas representaciones.
- Energía, aparce en la parte superior la energía de la molécula en kJ/mol o kcal/mol.
- Minmizar por MMFF94, normalmente las estructuras iniciales que se crean en los simuladores poseen energías mucho mayores a las que tendría un objeto real, por esta razón, se utilizan algoritmos para calcular las posiciones y fuerzas originales, con el objetivo de minimizarlas y que sean más realistas.
- Arrastrar Minimizar, usted puede arrastrar un átomo, soltarlo y entonces el sistema hace un cálculo de minimización de energía.
- Simetría, muestra los planos de simetría en la molécula.
- Editar, puede editar la molécula agragando o quitando átomos y enlaces.
- Superficie VDW, la superficie de van der Waals de una molécula es una representación abstracta o modelo de esa molécula, que ilustra dónde, en términos muy generales, podría haber una superficie para la molécula en función de los cortes duros de los radios de van der Waals para átomos individuales, y representa una superficie a través de la cual la molécula podría concebirse interactuando con otras moléculas.
- PEM es el mapa de potencial electrostático.
- Carga parcial calcula la carga parcial de cada átomo.
- Tetraedros, para el caso que exista alguna átomo tetraédrico.
- Dipolos enlaces, para ver el los dipolos de todos los enlaces.
- Dipolo molecular, para ver el momento dipolar resultante de toda la molécula.
- Hibridación sp, sp2 y sp3, para ver la hibridacion del átomo de carbono.
- Anillo aromático, muestra los anillos aromáticos.
- Heteroátomo, muestra los heteroátomos en heterociclos.
- C quiral (nomenclatura R/S) y E/Z para isomería geométrica en alquenos, los descriptores R/S permiten indicar en un compuesto orgánico la configuración (la disposición espacial de los sustituyentes) de un carbono o centro quiral, estereocentro o centro estereogénico, que es el caso de un átomo de carbono con cuatro sustituyentes diferentes. Se añade R o S entre paréntesis como prefijo delante del nombre de la molécula orgánica. En caso de ser más de uno el centro estereogénico, separados por coma se indica el descriptor R o S de cada uno, precedido del número o localizador que identifica su posición.
- Invertir R/S, para cambiar la quiralidad.
- Nomenclatura E/Z en Alquenos, el sistema tradicional para nombrar los isómeros geométricos de un alqueno, en el que los mismos grupos están dispuestos de manera diferente, es nombrarlos como cis o trans. Sin embargo, es fácil encontrar ejemplos donde el sistema cis-trans no se aplica fácilmente.
- N electrones, O electrones y S electrones, para ver los electrones libres del nitrógeno, oxígeno y azufre.
- C primario, C secundario, C terciario, C cuaternario, identifica la clasificación de los átomos de carbono.
- Dadores y aceptores de puentes de hidrógeno, señala los átomos que pueden dar o aceptar puentes de hidrógeno
- Botón 2D, cuando escoge el botón 2D, la aplicación tiene su propio menú y quedan inhabilitados todos los botones 3D.
Enlace Covalente
Molécula de HClO
El procedimiento que aparece a continuación se puede aplicar en el caso del bromo (ácido hipobromoso-HBrO) y yodo (ácido hipoyodoso-HIO).
- Para escribir la fórmula electrón-punto del ácido hipocloroso HClO, se pueden seguir los siguientes pasos:
- Total de electrones de valencia:
- Dibujar el esqueleto de la molécula
- Formar enlaces
- Distribuir los electrones
- Verificar los octetos
- Estructura final
- Verificar que se ha colocado el número adecuado de electrones en la estructura y sí cada átomo tiene la configuración de un gas noble y sí el hidrógeno cumple la regla de dos.
• Hidrógeno (H) tiene 1 electrón de valencia.
• Cloro (Cl) tiene 7 electrones de valencia.
• El oxígeno (O) tiene 6 electrones de valencia, y hay 1 oxígeno en total.
1 ( 𝐻 ) + 7 ( 𝐶 𝑙 ) + 1 × 6 ( O ) = 14 electrones.
• Colocar un hidrógeno unido a un oxígeno y este al cloro.
• Conectar un hidrógeno a un oxígeno y luego el oxígeno al cloro.
• El hidrógeno está enlazado por un enlace simple al oxígeno y este también por un enlace simple al cloro. En la estructura con electrones se observa los electrones color rojo para el oxígeno, color azul para el cloro y verde para el hidrógeno.
• Asegurarse de que cada átomo tenga el número adecuado de electrones:
• El oxígeno cumple con el octeto.
• El cloro cumple con el octeto.
• El hidrógeno cumple con la regla de dos.
• La representación de la estructura de Lewis es:
Ion clorito, ClO-1
El procedimiento que aparece a continuación se puede aplicar en el caso del bromo y yodo porque no tienen un estado de oxidación de +1.
- Determinar la fórmula del ion y los elementos involucrados:
- Contar los electrones de valencia
- Un oxígeno está unido al cloro por medio de un enlace simple y también ha ganado un electrón por lo que tiene carga -1.
- Colocar los electrones de valencia
- El hipoclorito se puede combinar con el ion sodio para formar hipoclorito de sodio.
• El ion hipoclorito tiene la fórmula ClO−, lo que significa que está formado por un átomo de cloro (Cl) y un átomo de oxígeno (O), con una carga negativa que es indicada con halo rojo sobre el oxígeno.
• El átomo de cloro (Cl) pertenece al grupo 17 de la tabla periódica, por lo que tiene 7 electrones de valencia.
• Cada átomo de oxígeno (O) pertenece al grupo 16 de la tabla periódica, así que cada oxígeno tiene 6 electrones de valencia. El total de electrones de los oxígenos es 1 × 6 = 6.
• El ion tiene una carga negativa ( − 1), lo que significa que hay 1 electrón adicional. La carga negativa se indica con un oxígeno con halo color rojo. Por lo tanto, el total de electrones de valencia en el ion clorito es: 7 ( Cl ) + 6 ( O ) + 1 ( carga negativa ) = 14 electrones de valencia .
• El átomo de oxígeno necesita completar su octeto, por lo que tendrá 2 pares de electrones no enlazados (lone pairs).