Si se diera el caso en el que uno de los dos átomos de carbono estuviera unido a dos grupos sustituyentes idénticos sólo habría una estructura posible para dicho compuesto. Por lo tanto, en estos casos, no es posible la isomería cis-trans.
Los alquenos que tienen dos sustituyentes diferentes en cada extremo del doble enlace pueden existir como dos isómeros configuracionales (son un tipo de estereoisómeros que son interconvertibles entre sí mediante ruptura de enlaces).
Los alquenos simples se pueden definir como cis o trans dependiendo de si los sustituyentes en diferentes extremos están en el mismo lado del alqueno (es decir, cis) o en lados opuestos (es decir, trans).
Debido a la diferente distribución espacial de los átomos en torno del doble enlace en los isómeros cis-trans, estos son compuestos distintos y con propiedades físicas diferentes.
Los alquenos pueden asignarse como Z (Alemán; zusammen = juntos) o E (Alemán; entgegen = opuesto) según las posiciones relativas de los grupos de prioridad.
Si los grupos de prioridad en cada lado del doble enlace C=C del alqueno están en el mismo lado, el alqueno es el isómero Z. Si están en lados opuestos, el alqueno se define como el isómero E.
Los grupos de prioridad están determinados por los números atómicos de los átomos directamente unidos al alqueno. Si no hay distinción entre estos átomos se compara el siguiente átomo de cada sustituyente.
Se llama isómero cis el que tiene los hidrógenos al mismo lado y trans el que los tiene a lados opuestos. No se puede aplicar la nomenclatura E/Z.