Instrucciones
Cargar archivo PDB
Diferentes formas de representación de las moléculas
- "Amino" es un esquema que asigna colores a los aminoácidos en función de sus propiedades químicas, p. ácido, básico, hidrofóbico o polar. Los colores son ASP, GLU, CYS, MET, LYS, ARG, SER, THR, PHE, TYR, ASN, GLN, GLY, LEU, VAL, ILE, ALA, TRP, HIS y PRO. Los ácidos nucleicos son de color caré claro en el esquema "amino".
- "Cadena" es un esquema que da un color diferente a cada cadena del archivo pdb.
- "Grupo" es un esquema que colorea las cadenas de proteínas de manera diferencial en la dirección amino-carboxi. Este esquema también colorea las cadenas de ácido nucleico de manera diferencial en la dirección 5 '> 3'.
- "Temperatura" es un esquema que colorea los átomos de acuerdo con sus temperaturas anisotrópicas, almacenadas como un valor beta en un archivo pdb. La temperatura anisotrópica indica la movilidad de un átomo o la incertidumbre de posición. Los segmentos más "móviles" y más cálidos son de color rojo, progresando a fragmentos azules más inmóviles.
- "Estructura" es un esquema de color muy útil porque colorea de manera diferencial la estructura secundaria de una proteína (hélices α y láminas β). Es mejor usar un comando de visualización que ilustre la estructura secundaria cuando se utiliza el esquema de colores de la estructura (por ejemplo, cintas, dibujos animados, esqueleto, trazas o hebras; consulte la sección Visualización).
Clasificación de los aminoácidos
- Ácidos: Asp, Glu
- No cíclicos
- Alifáticos: Ala, Gly, Ile, Leu, Val
- Aromáticos: His, Phe, Trp, Tyr
- Básicos: Arg, His, Lys
- Interiores: Ala, Leu, Val, Ile, Phe, Cys, Met, Trp
- Con carga: Asp, Glu, Arg, His, Lys
- Hidrofóbicos: Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met, Trp
- Polares: Cys, Gly, Ser, Thr, Lys, Asp, Asn, Glu, Arg, Gln, Tyr, His
- Pequeños: Ala, Gly, Ser
Metales
Grupos Prostéticos
Superficie y Cavidades
Sección
Estructura de Proteínas
Motivo
Atención!
Un motivo es un elemento conservado en la secuencia de aminoácidos, que habitualmente se asocia con una función concreta.
Los motivos (ejemplo, ) se generan a partir de alineamientos múltiples de regiones con elementos funcionales o estructurales conocidos, por lo que son útiles para predecir la existencia de esos mismos elementos en otras proteínas de función y estructura desconocida.
Dominio
Atención!
Un dominio es un término más genérico que designa una región de una proteína con interés biológico funcional o estructural. También se llama dominio a una región de la estructura tridimensional de una proteína con una función concreta, que incluye regiones no necesariamente contiguas en la secuencia de aminoácidos.
En la se aprecian con claridad dos dominios de plegamiento en los extremos de la proteína. Cada dominio es un segmento de la cadena capaz de plegarse de forma autónoma independiente del resto de la proteína. Los dominios son también unidades de función. Frecuentemente, los diferentes dominios de una proteína se hallan asociados a funciones distintas. Las proteínas pueden contener un único dominio o muchos dominios (a veces docenas de ellos). No existe una distinción estructural fundamental entre dominio y subunidad. Existen muchos ejemplos en los que distintas funciones son llevadas a cabo por cadenas distintas en una especie o por varios dominios en una misma cadena en otra. Esto refleja diferencias en la organización del genoma, simplemente.
Los dos dominios de la calmodulina tiene como función fijar iones de calcio que vemos en la visualización. Estos dominios se denominan manos EF. Las secuencias de aminoácidos que originan estas manos de calcio se encuentran en otras proteínas fijadoras de calcio. Si buscamos homologías con el banco de datos humanos se encuentran muchas proteínas con esta secuencia, todas ellas fijadoras de calcio.
Familia
Grupo de proteínas relacionadas evolutivamente y que tienen uno o más dominios o repeticiones en común. No se agrupan por funciones. Dos proteínas de familias diferencies pueden desarrollar la misma función.