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Cargar archivo PDB

Usted puede cargar un archivo PDB de la siguiente base de datos: Protein Data Bank .

Diferentes formas de representación de las moléculas

1. "Amino" es un esquema que asigna colores a los aminoácidos en función de sus propiedades químicas, p. ácido, básico, hidrofóbico o polar. Los colores son ASP, GLU, CYS, MET, LYS, ARG, SER, THR, PHE, TYR, ASN, GLN, GLY, LEU, VAL, ILE, ALA, TRP, HIS y PRO. Los ácidos nucleicos son de color caré claro en el esquema "amino".
2. "Cadena" es un esquema que da un color diferente a cada cadena del archivo pdb.
3. "Grupo" es un esquema que colorea las cadenas de proteínas de manera diferencial en la dirección amino-carboxi. Este esquema también colorea las cadenas de ácido nucleico de manera diferencial en la dirección 5 '> 3'.
4. "Temperatura" es un esquema que colorea los átomos de acuerdo con sus temperaturas anisotrópicas, almacenadas como un valor beta en un archivo pdb. La temperatura anisotrópica indica la movilidad de un átomo o la incertidumbre de posición. Los segmentos más "móviles" y más cálidos son de color rojo, progresando a fragmentos azules más inmóviles.
5. "Estructura" es un esquema de color muy útil porque colorea de manera diferencial la estructura secundaria de una proteína (hélices α y láminas β). Es mejor usar un comando de visualización que ilustre la estructura secundaria cuando se utiliza el esquema de colores de la estructura (por ejemplo, cintas, dibujos animados, esqueleto, trazas o hebras; consulte la sección Visualización).

Clasificación de los aminoácidos

1. Ácidos: Asp, Glu
2. No cíclicos
3. Alifáticos: Ala, Gly, Ile, Leu, Val
4. Aromáticos: His, Phe, Trp, Tyr
5. Básicos: Arg, His, Lys
6. Interiores: Ala, Leu, Val, Ile, Phe, Cys, Met, Trp
7. Con carga: Asp, Glu, Arg, His, Lys
8. Hidrofóbicos: Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met, Trp
9. Polares: Cys, Gly, Ser, Thr, Lys, Asp, Asn, Glu, Arg, Gln, Tyr, His
10. Pequeños: Ala, Gly, Ser

Metales

Muestra los metales en la estructura protéica.

Grupos Prostéticos

Muestra todos los grupos de naturaleza no protéica.

Superficie y Cavidades

Jsmol introduce la capacidad de distinguir entre cavidades y superficies de una proteína.

Sección

La sección "corta" la molécula, es decir, elimina los átomos hasta una profundidad específica para que las características interiores puedan observarse fácilmente.