Instrucciones
Usted tiene las siguientes opciones en este simulador para moléculas pequeñas tanto inorgánicas como orgánicas.
- En la parte superior, aparecen los botones 2D y 3D para que pueda observar el modelo en dos o tres dimensiones.
- A continuación se presenta el modelo en dos o tres dimensiones.
- "Search" puede ser utilizado para buscar alguna molécula, escribiendo el nombre en inglés, por ejemplo al escribir, sulphuric acid (ácido sulfúrico).
- Color de fondo, sirve seleccionar el color del fondo del modelo en tres dimensiones.
- Acercar +, acerca el modelo.
- Acercar -, aleja el modelo.
- Girar X, Y, Z, para girar el modelo en tres dimensiones en los ejes x, y, z.
- Alambres, varillas y pelotas y varillas, para cambiar el modelo en tres dimensiones en esas representaciones.
- Energía, aparce en la parte superior la energía de la molécula en kJ/mol o kcal/mol.
- Minmizar por MMFF94, normalmente las estructuras iniciales que se crean en los simuladores poseen energías mucho mayores a las que tendría un objeto real, por esta razón, se utilizan algoritmos para calcular las posiciones y fuerzas originales, con el objetivo de minimizarlas y que sean más realistas.
- Arrastrar Minimizar, usted puede arrastrar un átomo, soltarlo y entonces el sistema hace un cálculo de minimización de energía.
- Simetría, muestra los planos de simetría en la molécula.
- Editar, puede editar la molécula agragando o quitando átomos y enlaces.
- Superficie VDW, la superficie de van der Waals de una molécula es una representación abstracta o modelo de esa molécula, que ilustra dónde, en términos muy generales, podría haber una superficie para la molécula en función de los cortes duros de los radios de van der Waals para átomos individuales, y representa una superficie a través de la cual la molécula podría concebirse interactuando con otras moléculas.
- PEM es el mapa de potencial electrostático.
- Carga parcial calcula la carga parcial de cada átomo.
- Tetraedros, para el caso que exista alguna átomo tetraédrico.
- Dipolos enlaces, para ver el los dipolos de todos los enlaces.
- Dipolo molecular, para ver el momento dipolar resultante de toda la molécula.
- Hibridación sp, sp2 y sp3, para ver la hibridacion del átomo de carbono.
- Anillo aromático, muestra los anillos aromáticos.
- Heteroátomo, muestra los heteroátomos en heterociclos.
- C quiral (nomenclatura R/S) y E/Z para isomería geométrica en alquenos, los descriptores R/S permiten indicar en un compuesto orgánico la configuración (la disposición espacial de los sustituyentes) de un carbono o centro quiral, estereocentro o centro estereogénico, que es el caso de un átomo de carbono con cuatro sustituyentes diferentes. Se añade R o S entre paréntesis como prefijo delante del nombre de la molécula orgánica. En caso de ser más de uno el centro estereogénico, separados por coma se indica el descriptor R o S de cada uno, precedido del número o localizador que identifica su posición.
- Invertir R/S, para cambiar la quiralidad.
- Nomenclatura E/Z en Alquenos, el sistema tradicional para nombrar los isómeros geométricos de un alqueno, en el que los mismos grupos están dispuestos de manera diferente, es nombrarlos como cis o trans. Sin embargo, es fácil encontrar ejemplos donde el sistema cis-trans no se aplica fácilmente.
- N electrones, O electrones y S electrones, para ver los electrones libres del nitrógeno, oxígeno y azufre.
- C primario, C secundario, C terciario, C cuaternario, identifica la clasificación de los átomos de carbono.
- Dadores y aceptores de puentes de hidrógeno, señala los átomos que pueden dar o aceptar puentes de hidrógeno
- Botón 2D, cuando escoge el botón 2D, la aplicación tiene su propio menú y quedan inhabilitados todos los botones 3D.
GuateQuímica
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Un espacio digital para estudiantes de la Facultad de Ciencias Médicas y EFPEM de la USAC.
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Un Recorrido por Nuestro Sitio
Es un honor y un placer darles la más cordial bienvenida a este espacio, diseñado como una herramienta de apoyo fundamental en su viaje por el fascinante mundo de la química. Aquí encontrarán una colección de recursos cuidadosamente seleccionados para facilitar su aprendizaje y despertar su curiosidad.
¿Qué encontrarán en este sitio?
- Contenidos Teóricos Completos: Naveguen a través de todas las unidades del curso, desde química general, pasando por la complejidad de la química orgánica, hasta llegar a las biomoléculas.
- Guías de Estudio: Recursos diseñados para ayudarles a organizar su aprendizaje, repasar conceptos clave y prepararse eficazmente para sus evaluaciones.
- Simulaciones Computacionales Interactivas: La química cobra vida en tres dimensiones gracias a nuestras simulaciones.
Simulación computacional sobre Orbitales Atómicos.
Ir a la SimulaciónJSMol: Un visor molecular para explorar la estructura 3D de moléculas y cristales, ideal para entender la disposición espacial de los átomos. A continuación una simulación de la molécula de aspirina, inicialmente puede observar el modelo molecular en un pizarrón 3D y luego, haciendo clic en el botón 2D, podrá ver el modelo en el pizarrón en 2 dimensiones.
JSME: Un editor 2D muy intuitivo que permite dibujar estructuras químicas de manera rápida y sencilla. Al igual que en el caso de la aspirina, a continuación el modelo de la cafeína.
Mol* (Mol-star): Un visor moderno de alto rendimiento, optimizado para visualizar macromoléculas como proteínas y ácidos nucleicos.
Un ejemplo de la utilización de Mol* lo vemos en el modelo computacional del virus del Zika, el cual está constituído por 1728 áminoácidos, 6 cadenas y con un peso molecular de 145,000 Daltons.
Ver Modelo 3D del Virus del Zika
Modelo computacional del virus del Zica, archivo PDB 5ire
- Calculadoras Químicas: Herramientas para agilizar sus cálculos y permitirles comprobar sus resultados de manera rápida y eficiente.
- Presentaciones de PowerPoint: Usted puede descargar presentaciones de PowerPoint de todo el curso y también las puede ver en línea.
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Contenido teórico en línea sobre Teoría Atómica.
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Ir a la PresentaciónLa Química Computacional y el Futuro de la Ciencia 🔬
Vivimos en una era donde la química computacional y la inteligencia artificial (IA) están revolucionando el descubrimiento científico. Este sitio se apoya en bases de datos globales que son el pilar de la investigación moderna:
- Protein Data Bank (PDB): El archivo mundial de información estructural 3D de grandes moléculas biológicas.
- AlphaFold DB: Una base de datos con millones de estructuras de proteínas predichas por IA.
- UniProt: El catálogo más completo sobre proteínas, su función y secuencias.
- PubChem: Una inmensa base de datos pública de moléculas químicas y sus actividades biológicas.
La Escala del Conocimiento Molecular
Las bases de datos científicas albergan una cantidad de información asombrosa. Este gráfico compara el número de registros en las principales bases de datos. Nótese la diferencia de escala entre ellas.
La integración de estas bases de datos con la IA ha acelerado exponencialmente el descubrimiento de nuevos medicamentos y la comprensión de enfermedades, permitiendo diseñar fármacos con una precisión sin precedentes.
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Para que comiencen a explorar estos temas fascinantes, les invito a leer nuestra publicación más reciente sobre el innovador campo de las Terapias con Péptidos.
